研究发现动物和植物或许在6亿年前是一家研究发现动物和植物或许在6亿年前是一家。“由于海葵显示与果蝇或其他动物相似的一个基因调控元件网络图谱。我们认为,复杂的基因调控这一原则已经存在于6亿年前的人类,飞和海葵的共同祖先中,”Michaela Schwaiger声明。综上所述,虽然海葵的基因组,在DNA水平上,基因谱系和基因调控都跟脊椎动物有着惊人的相似,但其转录后的调控与植物相似,这也许可以追溯到动物和植物的共同祖先。
科学网概观miRNAMicroRNAs(miRNAs)是一类非编码的小RNA分子,通过与靶RNA的3?UTR互补或部分互补结合,使其降解或介导其翻译抑制,参与细胞增殖、凋亡、分化、代谢、发育、肿瘤转移等多种生物学过程.miRNAs基因通常位于基因间或编码蛋白基因的内含子中,在核内由RNA聚合酶II或III转录产生具有特征性茎环结构的pri-miRNA,然后在Drosha-DGCR8复合体的作用下,剪接成70nt的pre-miRNA,它由exportin5由核内运到胞浆。
南京大学张辰宇团队发现“抗病毒青霉素”MIR2911的意义?小鼠服用了金银花熬煮液(金银花在水中煮30分钟)或者合成的mir2911后,都可以从小鼠的血清和肺部检测到mir2911,并且连续饮用3天,还能在肺中检测到mir2911的富集。左列血浆,右列肺,EF,服用了金银花熬煮液,IJ服用了合成的mir2911.张组又进行了动物实验,在小鼠连续饮用了金银花熬煮液或者mir2911 72小时后,对动物进行攻毒,并继续喂食mir2911或者金银花熬煮液。
在这一结果的基础上,陈熹和他的学生讨论了以后就跟我说,“张老师,你的那个假说可能是错的,因为microRNA的作用都是抑制性的,如果大部分蜜蜂吃了蜂粮以后,卵巢不能发育,体重和体长变小,那么抑制性的作用不应该是在蜂王浆里,而是蜂粮里面。”  蜂粮和蜂王浆有一个特别大的区别,是有很大量的植物microRNA,所以陈熹认为,是蜂粮里的植物microRNA通过抑制蜜蜂幼虫的卵巢以及整体的生长发育,使之变成了工蜂。
“植物中所含微小RNA能够通过消化道进入人体血液和器官组织,然后通过调控靶基因表达的方式,影响人的生理功能”,这种说法的可信度有多高?逆转录酶是一类存在于部分RNA病毒中具有逆转录活性、能以单链RNA为模板合成DNA的酶。通常情况下,细胞内的转录是以DNA为模板合成RNA的,所得RNA为信使RNA(mRNA)供蛋白质合成作模板用。而在部分RNA病毒中,要实现自身的扩增,必须具有DNA,因此先由RNA逆转录合成cDNA再由cDNA转录出RNA。
Nature:两项研究证实环状RNA影响基因表达。经典的RNA测序方法只能分离具有特征性分子“尾巴“的那些分子。环状RNAs的末端连接在一起,缺乏这些尾巴,因此被普遍忽略掉。环状RNAs比之前预想的更为丰富同时可能比之前所想的更为重要。而另一项研究(Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency)则证实,在斑马鱼中表达这一环状RNA或敲除miR-7可以改变大脑发育。
一共检索到40项,其中lncRNA与SNP为主题的只有5和28两项,SNP与microRNA相关的有38项,大多数研究分为两类:microRNA本身的SNP(比如启动子区域的多态性)和靶基因的SNP(比如3‘UTR区多态性),分别影响microRNA的表达和对靶基因的调控。SNP位点rs2147578的不同基因型通过影响miR-128-3p对lnc-LAMC2-1:1 的结合与调控能力,影响lnc-LAMC2-1:1 的表达,可能通过对癌基因LAMC2的表达进行调控参与结直肠癌发生。
南大张辰宇教授1个月3篇miRNA论文,近期Nature综述TOP2、新进展TOP6.这一综述讨论了多种miRNAs影响免疫发展和造血输出的机制,介绍了miRNA对造血干细胞、先天免疫和适应性免疫细胞的影响,同时讨论了miRNA失调引发的病理后果。4月20日,发表在Nature Communications上的一项研究中,南方医科大学传统中西医医院方唯意研究组发现miRNA(miR-3188)可以调控鼻咽癌的增殖和化疗敏感性,揭示了miR-3188抑制肿瘤的分子机制。
MicroRNA,如何实现从零基础到10分的跨越。第二方面就是讲过往研究中,你所关心的肿瘤有哪些microRNA参与其中,这些microRNA有哪些下游靶向基因,为什么他们参与肿瘤调控却不适合作为药物靶点或者诊断依据,这些都是很好的研究microRNA-X在肿瘤中功能的原因和意义。第二方面,如果microRNA-X对肿瘤有重要作用,那么在肿瘤病人中一定要有表达上的变化,因为microRNA通常是抑制基因表达的,很多microRNA在肿瘤组织中会有高表达。
截选两组人群中变化值在2倍以上或0.5倍以下的miRNA,研究人员得到6组候选miRNA,包括miR-24-3p, miR-371a-5p, miR-3175, miR-3162-5p, miR-671-5p, 以及miR-4667-5p。利用靶向miR-24-3p的海绵RNA敲低外泌体的miR-24-3p(miR-24-3p-sponge-T-EXO)可恢复T-EXO(control-sponge-T-EXO)介导的抑制T细胞增殖、Th1和Th17分化和调节性T细胞(Tregs)的诱导。miR-155参与了肿瘤和正常肝细胞之间的外泌体介导的细胞间通讯。
专家指导:如何提取和分析血液DNA,RNA与蛋白。MicroRNA(miRNA)是长约22nt的非编码RNA,这些小RNA在天然细胞中大量存在,它们能与靶基因的mRNA配对,在转录后水平上调控目标基因的表达。细胞外RNA.这些细胞外RNA可以成为非侵入性的疾病诊断指标,这是RNA检测最有前景的发展方向之一。Laurent和Keuren-Jensen都是美国NIH细胞外RNA交流协会的成员,他们正在努力推动循环miRNA检测的标准化,提升细胞外RNA研究的可重复性。
lncRNA,miRNA,TF的研究思路 – GCBI学院。调控表达中相关的lncRNA,miRNA,TF应该如何去研究,今天在这分享一点思路。首先介绍lncRNA的研究思路,目前lncRNA的研究方法基本基于它的作用机制,那lncRNA的作用机制有哪些呢?我们先通过靶向预测数据库预测mRNA-microRNA,lncRNA-microRNA对应的靶向关系,再通过MREs数量和结合分值评判结合相同的microRNA的ceRNA的竞争能力,最后通过表达数据的计算来分析mRNA和lncRNA的调控关系。
肥胖导致的慢性组织炎症是胰岛素抵抗和2型糖尿病的根本原因。加州圣地亚哥分校的内分泌与代谢部医学教授Jerrold Olefsky博士说:“外来体在组织间移动引起的作用可能是引起糖尿病代谢紊乱的细胞间通讯的根本原因。“通过荧光标记细胞,我们可以看到外来体和他们携带的microRNA从脂肪(脂肪)组织通过血液和浸润肌肉和肝脏组织移动。类似地,在体外研究期间,当用“肥胖”外来体处理人肝和脂肪细胞时,这些细胞变得胰岛素抵抗。
轻松搞定microRNA靶基因预测。MicroRNA也可以写做miRNA ,是一类进化上高度守的小分子非编码 RNA, 约21-25nt长的单链小分子RNA。miRNA由基因组中某个基因座位转录生成具有5’端帽子结构和多聚腺苷酸尾巴的pri-miRNA。pre-miRNA经过Dicer的进一步剪切形成成熟miRNA,成为成熟的、大约21至23个核苷酸长度的链编码miRNAs。miRNA5’端2-8个碱基被称为miRNA种子序列。miRNA的靶基因可以通过网站进行预测。
专访陈龙邦教授:用先进的技术平台开展miRNA研究。近日来自南京大学医学院、南京医科大学的研究人员取得了microRNA(miRNA)与肺癌研究的新突破,在新研究中他们发现miR-451与非小细胞肺癌患者的预后密切相关,并证明miR-451可通过靶向RAB14而显著抑制非小细胞肺癌生长,从而为非小细胞肺癌的预防判断与生物治疗提供了新的潜在靶标。生物通:非小细胞肺癌(NSCLC)是临床最常见的一种肺癌类型,约占肺癌总数的80-85%。
非编码RNA研究技术大盘点。现在可能连实验室的插枪头阿姨都知道绝大多数的RNA分子并不翻译,这非编码RNA(noncoding RNA),包括miRNA、lncRNA等。也可以叫做RNA precipitation,根据ncRNA序列设计探针,二次探针交联在固相载体上,若将核内RNA-DNA状态固定处理,染色质超声打碎成小片段,RNA-DNA的结构就可以被探针抓取下来,利用DNA-Seq对抓取的DNA进行测序,获得DNA结合序列的信息(不过这个可以被生信分析工具所预测一下)。
食物中的RNA分子让蜜蜂长成工蜂。食物中的RNA分子能让蜜蜂长成工蜂。之前,一些研究人员认为,蜂群供养年轻蜂后的食物中有一些特殊东西——一种名为蜂王浆的分泌物,这就让雌性蜜蜂最终出现分化,分别成为工蜂和蜂后。而普通工蜂的饮食主要是一种花粉和蜂蜜的混合物,这些“蜜蜂食料”里大量掺杂着一种微小核糖核酸(miRNA)。
癌症:比我们想象的更聪明随着研究的深入,癌症形成的原理愈发扑朔迷离,我们的对手远比我们想象的更聪明!在奥兰多的会议上,尼克尔森和其他的研究人员描述了基因如何在微生物中与人体细胞内的基因进行信息交流,而基因也可能与结肠、胃、食道和其他器官内的癌症有关联。每个假基因都有一个常规的蛋白编码基因。潘多尔菲博士假设基因和假基因发出的RNA信号通过一种涉及microRNA的语言进行交流。
Neuron:从神经科学角度解释社交和社会偏好 | 唧唧堂论文解析。研究员们的关注重点是具有亲属关系的蝌蚪的气味线索,刚出生的蝌蚪只需要两到四天就会学会选择与家庭成员一起游玩,同时避开非家庭成员。如果让刚出生不久的小蝌蚪接触非家庭成员释放出的气味,那么这些小蝌蚪之后就会倾向于与能产生这种气味的、并非它们真正的家庭成员的蝌蚪愉快地玩耍,即这些小蝌蚪扩大了它们的社会偏好。
这个网站我们在(资源帖)S5E28: lncRNA常用数据库大盘点(上)提到过,但是没有深入展开,此网站甚是强大,当为研究非编码RNA必备神器之一。一、根据microRNA找非编码RNA(比如lncRNA,circRNA等)二、根据microRNA找mRNA靶点;一、根据microRNA找非编码RNA.在上图选择miRNA-lncRNA互作,我们以miRNA 125a-5p为例,选择miRNA 125a-5p:这样出来的lncRNA就多了,出现了27条lncRNA:二、根据microRNA找mRNA靶点。
lncRNA的这个机制一般只出高分文章当遇到lncRNA和miRNA表达一致的情况,也许你离高分文章已经不远了,一起看看人家是怎么发29分文章的。10月16日《Nature Medicine》(29分)在线发表了一篇lncRNA作为miRNAs的前体分子,双miRNAs调控下游机制的文章,或许能给你的lncRNA的研究带来新的思路。咱们进入正题,这篇文章讲的是lncRNA产生miR-100和miR-125b,然后miRNA cluster介导了Wnt信号通路促进了癌细胞对Cetuximab的耐药机制。
其中编号为168a的植物微小核糖核酸(MIR168a)是一种稻米中富含的同时也是中国人血清中含量最为丰富的一种植物微小核糖核酸。该发现显然发人深省:比如,它表明除了吃"食物"(以碳水化合物及蛋白质等的方式)以外,您还在摄入"信息"(此信息即是微小核糖核酸的序列特征,因为来源于不同食物的多种多样的微小核糖核酸一旦被人体吸收,将导致潜在的不同类型的靶基因的调控以及对人体的生理状况产生不同的影响结果)。
曹雪涛院士JBC,Nautre子刊文章解析小RNA.领导这些研究的是第二军医大学免疫学研究所所长曹雪涛教授,曹教授2005年当选中国工程院院士,主要从事肿瘤免疫治疗和分子免疫学方面的研究,以通讯作者在Nature Immunology、Immunity、Blood、J Immunol,Cancer Res, J Biol Chem等SCI收录的国外知名杂志发表论文上百篇。曹雪涛教授对树突状细胞(DC)的免疫学和肿瘤的免疫与基因治疗开展了比较系统深入的创新性基础研究和临床应用研究。
Tudor-SN丢失延缓细胞周期。论文共同第一作者、罗彻斯特大学医学与牙医学院生物化学与生物物理学系、RNA生物学中心助理教授Reyad A. Elbarbary博士(在Maquat实验室开展研究)说,“我们知道相比于健康的细胞,Tudor-SN在癌细胞中更加丰富,而且我们的研究提示着靶向这种蛋白可能抑制快速生长的癌细胞。”Maquat注意到,“鉴于癌细胞具有缺陷的细胞周期,寻找参与细胞周期的因子是开发癌症治疗的一种有前景的方法。”
孟山都公司的意思就是说,只要转基因的最终产物——那个比萨饼——没有毒性,那么外来的DNA就算是没有差异,也不会造成任何食品安全问题。“对转基因农作物中的外源DNA不必做安全性测试。因为所有的食物中都有DNA(以及相应的RNA)。DNA自身是无毒的、在植物中也无毒,不会构成威胁。”不过,既然孟山都公司连贴转基因食品的标签都不干,显然它想要的就是让你闭上眼睛、张开嘴巴,乖乖地咽下它的转基因“安全”食品。
南京大学miRNA理论颠覆转基因安全神话,引世界轰动!——植物的微小核糖核酸(microRNA)可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织器官。数个研究团组在2007年报告,通过敲除特定RNA,成功地开发出有杀死害虫功能的植物RNA。但是,此文作者明明白白地暗示,用“敲除”一个RNA的方法,可以开发杀虫转基因植物,“孟山都公司把RNA(核糖核酸)干扰原理用于杀虫了,而那个能致死昆虫的生物学机理,在人类身上也是同样存在的”!
通过一种叫作RNA干扰或RNA“敲除”的方法,这些RNA微小片段就能被用来关闭或者“敲除”特定的基因。Researchers have been using this phenomena to their advantage in the form of small, engineered RNA strands that are virtually identical to miRNA. In a technique called RNA interference, or RNA knockdown, these small bits of RNA are used to turn off, or "knock down," certain genes.
樊龙江教授团队结合生物信息学与作物学专业优势,紧跟研究前沿,近年来在植物circRNA领域取得一系列成果:(1)由于目前主要circRNA鉴定方法都是根据人类和动物基因组设计,不同方法之间在植物上预测的重复性很差,因此考虑到植物与动物基因组和基因结构之间的特征差异,建立一个专门针对植物的circRNA鉴定方法和软件变得非常迫切,对植物后续的circRNA特征及功能研究非常重要。