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1. HBeAg阳性慢性感染： 过去称之为免疫耐受阶段。血清HBeAg阳性，ALT水平正常，肝组织很少或没有炎症或纤维化。HBV没有细胞致病性，肝细胞损伤是由于机体免疫清除HBV所导致。e抗原可能是一种免疫耐受蛋白，能使病毒避免被免疫系统识别。但HBV DNA整合和克隆到肝细胞内比较常见，因而仍有发生肝细胞癌的风险。 2. HBeAg阳性慢性肝炎： 过去称为免疫清除期，或免疫活动期，也称为慢性乙型肝炎期。HBeAg阳性，HBV DNA和ALT显著升高，肝组织明显炎症坏死和肝纤维化。 3. HBeAg阴性慢性感染： 过去称之为非活动性携带者，是一种比较稳定的状态。抗HBe阳性，ALT水平正常，肝组织仅有轻度或没有炎症及纤维化。这部分患者发展为肝硬化、肝癌的机率较低，但可发展为慢性肝炎。通常血清HBsAg滴度较低(<1,000 IU/ml)。 4. HBeAg阴性慢性肝炎： HBeAg阴性，但HBV DNA及ALT升高或反复波动，肝组织有炎症和纤维化，大部分 有HBV前C区和C区的变异，疾病自行缓解的机率很低。 5. HBsAg阴性患者： 即隐匿性HBV感染。这部分患者血清中不能检测出HBsAg，并且大部分情况下不能检测出HBV DNA，但肝组织中可以检测出HBV DNA或HBV cccDNA。如果HBsAg消失发生在已经肝硬化之后，仍有肝硬化持续进展甚至发生肝癌的风险。在免疫抑制情况下，HBV可能出现重新活跃。
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