图一(http://www./kegg-bin/show_pathway?map01100) 图一展示的是KEGG pathway新陈代谢(Metabolism)全局概括信号通路图,十分整洁美观,考考大家的眼力和基础知识,哪一个是三羧酸循环(TCA循环)呢? KEGG pathway通路数据库是大家最为熟悉的、用的最多的一个,它是一个手工画的代谢通路的集合,在KEGG的主页我们可以看到,他们不仅仅记录新陈代谢反应(Metabolism):还有遗传信息加工;环境信息加工;细胞过程;生物体系统;人类疾病;药物开发的信号通路列表。如图: 所以不管是免疫系统研究 还是遗传信息加工都可以找到相关的信号通路总结 除此以外还有许多更细致的路径图,所以其内容是相当丰富的。KEGG能系统分析基因功能,特别是对分子信号转导通路研究、生物催化的童鞋们,这个网站还是很有启发意义的。 当然网络上还有很多分子生物学方面的网站:例如,便捷的绘图软件pathway builder tool ,以及其他实用有趣的网站: 1、BioCarta Pathway:https://cgap.nci./Pathways/BioCarta_Pathways (BioCarta Pathway,经典的信号转导途径图集!) 2、Reactome:http://www./PathwayBrowser/ (记录了十九种物种的结构性及功能性生物大分子的关系,和介绍的KEGG、Biocarta和Reactome是我们最常用的三大数据库,我们一般叫“通路三剑客”,知名度高,但是图片美观程度一般。) 3、UniProt:http://www./ (蛋白数据大合集) 4、Cell Size and Scale:http://learn.genetics./content/cells/scale/ (让我们对从细胞到分子的大小直观的了解) 5、GeneMANIA:http:/// (对特定物种内进行基因功能预测) 6、CST pathway:https://www./ (Cell Signaling Technology公司的,通路齐全且美观,所以很多实验室都会看到。) 7、Sabiosciences Pathway Central(http://www./pathwaycentral.php) (通路图注册后可以直接下载,通路图也非常美观。) |
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