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张仲景撰用《素问》、《九卷》等作为重要的理论渊源和基础，谱成《伤寒论》。故通晓《内经》中有关六经的理论，有利于把握《伤寒论》的原意。《内经.阴阳应象大论篇第五》：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，治病必求于本。”阴阳乃是本，是《内经》解释脏腑、气血、经络、药物等等的基本说理要素，然阴阳虽然涵盖一切，但是涉及到具体的医学问题，人体的生理病理问题，单单用“阴阳”就显得宽泛而不能深入具体探讨病机演化。故《内经》在阴阳的基础上又继续细分为三阴三阳，即太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴。故要明白六经的内涵，先要明白三阴三阳的概念内涵。
《至真要大论》：“愿闻阴阳之三也何谓？岐伯曰：气有多少，异用也”。故我们可以认为，三阴三阳的分类标准是“气”的多寡，从“阳明何谓也？岐伯曰：两阳合明也。帝曰：厥阴何也？岐伯曰：两阴交尽也。”又可知“气”又含阴阳之气两方面，即三阴三阳是根据阳气阴气的多寡来分属命名的，这也是三阴三阳最基础的意义。
由于当时对外感疾病传变规律认识的局限，六经几乎是一切外感病公认的主要传变方式，如《伤寒论》中就有太阳伤寒，太阳中风，太阳中暍，太阳风温等的记载。张仲景在《内经》六经理论的基础上，通过临床观察总结“正寒”之邪的致病特点，谱成了《伤寒论》，伤寒病因为正寒之邪，主伤人体阳气为主，其恰好符合六经三阴三阳按阴阳气之多寡的分类标准，故以六经理论来归纳伤寒病的传变规律在理论上是吻合的。
然单是根据阴阳之气的多寡来粗略地理解《伤寒论》中六经病临床具体内涵又是不够全面的，也无法细致分析探讨《伤寒论》中的病证病机。因伤寒病毕竟是作用于人体的外感病，既应该考虑本病病因自身的致病特点，更需要结合人体结构、物质、功能基础而谈及病的发生、传变。
三阴三阳在被灵活运用于临床的同时，与之有关的理论也被充分利用以解释病机，如三阴三阳虽然是根据阴阳之气多寡来命名的，但其还包含经络之义，《内经·经脉》：“肺手太阴之脉，起于中焦，下络大肠，环循胃口，上膈属肺，从肺系横出腋下......大肠手阳明之脉，起于大肠次指之端，循指上廉......胃足阳明之脉，起于鼻之交頞中，旁纳太阳之脉，下循鼻外.....”故六经中还应该包含经络走行之义，这从张仲景症状归类中就可见一斑，如太阳病中之“颈项强急”，“一身尽疼”，“少阳中风，两耳无所闻”，“少阴病，下利咽痛，胸满心烦”其中都含有经络走行之义。
经络不仅仅只是结构上的概念，经络有气有血。《内经.五音五味》：“夫人之常数，太阳常多血少气，少阳常多气少血，阳明常多血多气，厥阴常多气少血，少阴常多血少气，太阴常多血少气，此天之常数也”，
初步概括了六经的气血。《伤寒论》中亦不无体现这一点。如“阳明病外证云何？答曰：身热，汗自出、不恶寒反恶热也”正因阳明经多气，故而寒邪入阳明，阳气奋起抗邪，正邪交争剧烈，故发热重。阳明多血故而热重耗津，大汗出。在总结归纳症状时都或多或少结合经本身气血问题。
经络有其络属之脏腑，故而经络又与五脏六腑紧密联系为一体。如“太阳病不解，热结膀胱，其人如狂，血自下，下者愈”，“阳明之为病，胃家实是也”，“伤寒脉浮而缓，手足自温者，系在太阴。太阴当发身黄；若小便自利者，不能发黄......以脾家实，腐秽当去故也”，故《伤寒论》中六经的实质内涵还应该包括脏腑层面。
综上，六经在命名上是以阴阳之气的多寡来分类的，然在涉及到具体病时，其又涵盖了脏腑、经络、气血津液等多个层面。可以做一简单归纳，在伤寒的传变过程中，其发病或在表或在里，或在经或在脏腑，或在气或在血，或表里同病，或经腑同病，或气血同病，简言之，就是诊病审病因，病位，病性。而发病的病机时刻又与治疗的正误，邪气的强弱，正气的盛衰有关，不能拘泥于现有的理论，而应该理解张仲景六经的基础上灵活对待。
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